Antibiotic use and gut microbiome composition links from individual-level prescription data of 14,979 individuals - Nature Medicine
Une étude suédoise, publiée dans Nature Medicine s’est intéressée aux effets à long terme des antibiotiques sur le microbiote intestinal humain. Pour cela, les chercheurs ont croisé huit années de données issues du National Prescribed Drug Register (NPDR) avec l’analyse métagénomique de près de 15 000 échantillons fécaux d’adultes provenant de trois cohortes de la population suédoise. L’objectif de cette étude était de déterminer dans quelle mesure une exposition aux antibiotiques, même ancienne ou ponctuelle, pouvait laisser une trace durable sur la diversité et la composition du microbiote intestinal.
Les résultats montrent que les antibiotiques ne provoquent pas seulement une perturbation transitoire mais que leurs effets peuvent persister jusqu’à huit ans après la prise (voire plus, le suivi ayant été interrompu au bout de 8 ans). Une utilisation d’antibiotiques moins d’un an avant le prélèvement fécal est associée à une plus forte réduction de la diversité en espèces, mais des associations significatives sont également observées pour des expositions survenues 1 à 4 ans et 4 à 8 ans auparavant. Cela est d’autant plus remarqué pour certains antibiotiques, en particulier la clindamycine, les fluoroquinolones et la flucloxacilline, qui entrainent une diminution importante de la diversité microbienne et la disparition de nombreuses espèces. L’exposition à ces antibiotiques 4 à 8 ans avant le prélèvement fécal est associée à une réduction de l’abondance de 10 à 15 % des espèces étudiées. À l’inverse, des antibiotiques comme la pénicilline V, le pivmécillinam, l’amoxicilline, l’amoxicilline-acide clavulanique, la nitrofurantoïne ou le sulfaméthoxazole-triméthoprime, semblent avoir un impact plus limité à long terme.
L’étude met également en évidence une récupération lente et incomplète du microbiote. Une remontée de la diversité est observée durant les deux premières années suivant l’exposition aux antibiotiques, mais cette amélioration se stabilise ensuite.
Enfin, les chercheurs ont étudié les liens entre les espèces présentes dans le microbiote et l’état de santé du patient. Certaines bactéries du microbiote jouent un rôle essentiel dans les fonctions métaboliques, inflammatoires ou immunitaires. Après une exposition aux antibiotiques, il a été observé une diminution des bactéries bénéfiques connues pour leurs effets protecteurs, impliquées notamment dans la production de métabolites protecteurs. À l’inverse, certaines espèces augmentées après antibiothérapie sont associées à des états pathologiques ou à un risque accru de maladies chroniques. Ces résultats suggèrent que les modifications du microbiote induites par les antibiotiques pourraient contribuer au développement de certaines pathologies en altérant l’équilibre entre espèces protectrices et espèces potentiellement délétères.
Ainsi, cette étude souligne l’importance d’un usage à bon escient des antibiotiques (juste ce qu’il faut), en tenant compte de leurs effets immédiats, mais aussi de leurs conséquences possibles à long terme, car même lorsqu’ils sont prescrits ponctuellement, ils entrainent une altération durable du microbiote intestinal.
